Doğa Kolejinde üstün zekalı öğrencilere yönelik hazırlanan eğitim programı çocukların ihtiyaçları ve genel özellikleri dikkate alınarak hazırlanmıştır. Üstün zekalılar eğitim programı ilkokul 1, 2 ve 3. sınıf hayat bilgisi, Türkçe, matematik ve fen bilimleri ders içeriklerinde derinleştirme, hızlandırma ve dikey zenginleştirme; ilkokul ve ortaokul 4, 5, 6, 7 ve 8. sınıf düzeyinde ise Türkçe, sosyal bilgiler, matematik ve fen bilimleri ders içeriklerinde derinleştirme ve yatay zenginleştirme yapılarak tasarlanmıştır. Doğa Koleji olarak üstün zekalılar eğitiminde farklılaştırılmış ve zenginleştirilmiş eğitim içeriğine uygun ev çalışmaları ile öğrencilere öğrendiklerini kalıcı hale getirme fırsatları sunulmaktadır.
Üstün zekalı ve yetenekli öğrencilerin bireysel farklılıklarına ve özel eğitim gereksinimlerine bağlı olarak, gelişimlerini ve ihtiyaçlarını destekleyen fark dersler ve etkinlikler hazırlanmıştır.
Fark derslerin oluşturulmasında; sorgulamaya dayalı öğretim, buluş yoluyla öğretim, araştırma yoluyla öğretim, soru-cevap yöntemi, araştırma yöntemi, proje yöntemi, problem çözme yöntemi gibi öğretim yöntem ve teknikleri, süreklilik, yaratıcılık gelişimi, liderlik gelişimi, üretkenlik, üst düzey düşünebilme, yenilikçilik gibi ilkeler benimsenmiştir.